南通轨道交通于2011年开始规划，规划中的交通线网由4条线路构成，全长170.8公里。2017年12月，南通轨道交通一号开工建设，建设周期预计五年左右。6月1日，南通城市轨道交通LOGO正式发布。

据悉，从2017年年底面向社会征集轨道交通LOGO以来，总计收到参赛作品多达1400余份。在遴选结束后，南通城市轨道交通进一步开展了LOGO方案设计比选招标，吸引了中国美院，北京交大、苏州大学等多所知名院校的专业团队参与。经过多轮究评选，最终设计由北京交大完成。

南通轨道交通LOGO整体以红色为主色，红色不仅是轨道交通行业的标准色，也是代表中国红的传统文化色。图形中将以南通拼音首字母「N」和「T」组成地铁的英文首字母「M」，起伏变化的图形犹如一列急速驶过的轨道列出，又似奔腾前进的海浪，体现了南通「据江海之会、扼南北之喉」的地域特征和「追江赶海、激流勇进」的城市特质。